Korai újkor

Az Apátúr-ház (Xántus János Múzeum)

A mohácsi csatavesztést követő kettős királyválasztás után Győr sorsa is bizonytalanná vált. Frangepán György városparancsnok előbb I. Jánost ismerte el királyként, de a báró Nádasdy Tamás budai és báró Cseszneky György tatai kapitány Győr alá érkező seregének nyomására a város védői és polgárai I. Ferdinánd pártjára állottak. A városba érkező I. Ferdinánd király gróf Lamberg Kristófot nevezte ki az erősség parancsnokának, aki azonban 1529-ben a fenyegető török veszély közeledtével reménytelennek tartotta megkísérelni Győr védelmét, inkább felgyújtatta a várost. Az érkező török hadak csak megfeketedett romokat találtak, innen a város török neve: Janik kala, azaz „égett város”. A romos várost Bakics Pál szerb vajda kapta zálogbirtokként a királytól. Fels Lénárd kapitány már 1537-ben megkezdte az újjáépítést, de igazán csak 1561-ben indult meg az építkezés.

Az újra felépített Győrt olasz építőmesterek által tervezett városfal vette körül. Sok új épület épült reneszánsz stílusban.

A tizenötéves háború idején, 1594-ben miután a törökök megfutamították a Mátyás főherceg vezette felmentő sereget, gróf Hardegg Ferdinánd főkapitány föladta a várat, de a magyar és osztrák seregek már 1598-ban visszaszerezték. Ezt a rövid időszakot leszámítva Győr földrajzi elhelyezkedésének köszönhetően mentes volt a török uralomtól. A korszak új művészeti stílusa, a barokk így hamarabb elérte a várost, mint a keletebbre lévő településeket, ahová csak a török megszállás alóli megszabadulást követően jutott el. Ekkor alakult ki a városközpont barokk jellege.